Soluihin tunkeutuvat peptidit ovat pieniä peptidejä, jotka voivat tunkeutua helposti solukalvon läpi.Tämän luokan molekyylit, erityisesti CPP:t, joilla on kohdistustoimintoja, lupaavat tehokkaan lääkkeen toimituksen kohdesoluihin.
Siksi sitä koskevalla tutkimuksella on tietty biolääketieteen merkitys.Tässä tutkimuksessa tutkittiin CPP:itä, joilla on erilainen transmembraaninen aktiivisuus, sekvenssitasolla yrittäen selvittää CPP:iden transmembraaniseen aktiivisuuteen vaikuttavia tekijöitä, eri aktiivisuuden omaavien CPP:iden ja Ei-CPP:iden sekvenssieroja sekä esitellä menetelmä biologisten sekvenssien analysointiin.
CPP- ja NonCPP-sekvenssit saatiin CPPsite-tietokannasta ja eri kirjallisuuksista, ja transmembraanipeptidit (HCPP:t, MCPP:t, LCPP:t), joilla oli korkea, keskimääräinen ja alhainen transmembraaninen aktiivisuus, uutettiin CPPs-sekvensseistä tietokokonaisuuksien muodostamiseksi.Näiden tietokokonaisuuksien perusteella tehtiin seuraavat tutkimukset:
1, Eri aktiivisten CPP:iden ja ei-CPP:iden aminohappo- ja sekundaarirakennekoostumus analysoitiin ANOVA:lla.Havaittiin, että aminohappojen sähköstaattisilla ja hydrofobisilla vuorovaikutuksilla oli tärkeä rooli CPP:iden transmembraanisessa aktiivisuudessa, ja kierukkarakenne ja satunnainen kiertyminen vaikuttivat myös CPP:iden transmembraaniseen aktiivisuuteen.
2. Eri aktiivisuuden omaavien CPP:iden fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet ja pituudet esitettiin kaksiulotteisella tasolla.Havaittiin, että CPP:t ja NonCPP:t, joilla on eri aktiivisuus, voitiin ryhmitellä joidenkin erityisominaisuuksien alle, ja HCPP:t, MCPP:t, LCPP:t ja NonCPP:t jaettiin kolmeen klusteriin, jotka osoittavat niiden erot;
3. Tässä artikkelissa esitellään biologisen sekvenssin fysikaalisen ja kemiallisen sentroidin käsite, ja sekvenssin muodostavia tähteitä pidetään hiukkaspisteinä ja sekvenssi abstraktoidaan tutkimusta varten hiukkasjärjestelmänä.Tätä menetelmää sovellettiin CPP:iden analysointiin projisoimalla eri aktiivisuuksia omaavia CPP:itä 3D-tasolle PCA-menetelmällä, ja havaittiin, että useimmat CPP:t klusteroituivat yhteen ja jotkut LCPP:t klusteroituivat yhteen ei-CPP:iden kanssa.
Tämä tutkimus vaikuttaa CPP:iden suunnitteluun ja eri toimintojen CPP-sekvenssien erojen ymmärtämiseen.Lisäksi tässä artikkelissa esiteltyä biologisten sekvenssien fysikaalisen ja kemiallisen sentroidin analyysimenetelmää voidaan käyttää myös muiden biologisten ongelmien analysointiin.Samalla niitä voidaan käyttää syöttöparametreina joihinkin biologisiin luokitteluongelmiin ja niillä on rooli hahmontunnistuksessa.
Postitusaika: 15.6.2023