Polypeptidipeptidiketjun suunnittelukaavio ja ratkaisu

I. Yhteenveto
Peptidit ovat erityisiä makromolekyylejä, joten niiden sekvenssit ovat epätavallisia kemiallisesti ja fysikaalisesti.Jotkut peptidit ovat vaikeita syntetisoida, kun taas toiset ovat suhteellisen helppoja syntetisoida, mutta vaikeita puhdistaa.Käytännön ongelmana on, että useimmat peptidit ovat vähän liukoisia vesiliuoksiin, joten puhdistuksessamme vastaava osa hydrofobista peptidiä on liuotettava ei-vesipitoisiin liuottimiin. Siksi nämä liuottimet tai puskurit ovat todennäköisesti vakavasti ristiriidassa käytön kanssa. biologisten kokeellisten menetelmien, joten teknikot ovat ehdottomasti kiellettyjä käyttämästä peptidiä omiin tarkoituksiinsa, joten seuraavat on useita näkökohtia peptidien suunnittelusta tutkijoille.

Polypeptidipeptidiketjun suunnittelukaavio ja ratkaisu
Toiseksi synteettisten vaikeiden peptidien oikea valinta
1. Alassäädeltyjen sekvenssien kokonaispituus
Alle 15 tähteen peptidejä on helpompi saada, koska peptidin koko kasvaa ja raakatuotteen puhtaus heikkenee.Koska peptidiketjun kokonaispituus kasvaa yli 20 tähdettä, tuotteen tarkka määrä on keskeinen huolenaihe.Monissa kokeissa on helppo saada odottamattomia vaikutuksia alentamalla jäännösluku alle 20:een.
2. Vähennä hydrofobisten tähteiden määrää
Peptidit, joissa on suuri hydrofobisten tähteiden hallitsevuus, erityisesti alueella 7-12 tähteitä C-päästä, aiheuttavat yleensä synteettisiä vaikeuksia.Tämä nähdään riittämättömänä yhdistelmänä juuri siksi, että synteesissä saadaan B-taitoslevy."Tällaisissa tapauksissa voi olla hyödyllistä muuntaa enemmän kuin kaksi positiivista ja negatiivista tähdettä tai laittaa Gly tai Pro peptidiin peptidikoostumuksen avaamiseksi."
3. "Vaikeiden" jäämien alasäätely
"On olemassa useita Cys-, Met-, Arg- ja Try-jäämiä, joita ei yleensä syntetisoida helposti."Seriä käytetään tyypillisesti ei-hapettavana vaihtoehtona Cysille.
Polypeptidipeptidiketjun suunnittelukaavio ja ratkaisu

Kolmanneksi paranna veteen liukenevan tuotteen oikeaa valintaa
1. Säädä N- tai C-päätä
Suhteessa happamiin peptideihin (eli pH:ssa 7 negatiivisesti varautuneisiin) asetylointi (N-pään asetylaatio, C-pää säilyttää aina vapaan karboksyyliryhmän) on erityisen suositeltavaa negatiivisen varauksen lisäämiseksi.Kuitenkin emäksisille peptideille (eli positiivisesti varautuneille pH:ssa 7) aminointi (vapaa aminoryhmä N-päässä ja aminointi C-päässä) on kuitenkin erityisen suositeltavaa positiivisen varauksen lisäämiseksi.

2. Lyhennä tai pidennä sarjaa huomattavasti

Jotkut sekvensseistä sisältävät suuren määrän hydrofobisia aminohappoja, kuten Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr ja Ala jne. Kun nämä hydrofobiset tähteet ylittävät 50 %, niitä ei yleensä ole helppo liuottaa.Voi olla hyödyllistä pidentää sekvenssiä peptidin positiivisten ja negatiivisten napojen lisäämiseksi edelleen.Toinen vaihtoehto on alentaa peptidiketjun kokoa positiivisten ja negatiivisten napojen lisäämiseksi säätelemällä alas hydrofobisia tähteitä.Mitä vahvemmat peptidiketjun positiiviset ja negatiiviset puolet ovat, sitä todennäköisemmin se reagoi veden kanssa.
3. Laita vesiliukoiseen jäännökseen
Joidenkin peptidiketjujen kohdalla joidenkin positiivisten ja negatiivisten aminohappojen yhdistelmä voi parantaa vesiliukoisuutta.Yrityksemme suosittelee happamien peptidien N- tai C-pään yhdistämistä Glu-Glu:n kanssa.Peruspeptidin N- tai C-pää annettiin ja sitten Lys-Lys.Jos varattua ryhmää ei voida sijoittaa, Ser-Gly-Ser voidaan sijoittaa myös N- tai C-päähän.Tämä lähestymistapa ei kuitenkaan toimi, kun peptidiketjun puolia ei voida muuttaa.